بنای دانشکده علوم پایه به تاسیس گروه ریاضی کاربردی و راه‌اندازی رشته ریاضی کاربردی در سال ۱۳۸۵ بر می‌گردد. و در سال‌های ۱۳۸۶ و ۱۳۸۷ گروه های آموزشی شیمی و زیست شناسی سلولی و مولکولی راه‌اندازی شدند. این دانشکده مدتی خارج از سایت اصلی دانشکده و در خیابان معلم شمالی مراغه قرار داشت که با تکمیل ساختمان آن در سال ۱۳۹۰ به سایت اصلی دانشکده منتقل گردید. هم اکنون این دانشکده با بیش از هفده رشته و گرایش در مقاطع تحصیلی دکتری، کارشناسی ارشد و کارشناسی به انجام فعالیت های آموزشی و پژوهشی مشغول است. از افتخارات این دانشکده می‌توان به شرح ذیل اشاره نمود:
۱- کسب مدال برنز مسابقات ریاضی توسط دانشجوی مقطع کارشناسی ریاضی (آقای هادی امیرفرهنگی-سال ۱۳۸۹)
۲-  قبولی تعداد قابل توجهی از فارغ التحصیلان این دانشکده در مقاطع بالاتر تحصیلی و کسب رتبه های برتر در کنکورهای سراسری کارشناسی ارشد و دکتری
۳- انتخاب عضو هیأت علمی این دانشکده به عنوان یکی از ۱۰۰ محقق سرآمد کشور (دکتر باقر افتخاری-سال ۱۳۹۴)
۴- اختصاص جایزه Highly Commended از انتشارات Emerald به مقاله استاد دانشکده (دکتر غلامرضا مهدوی‌نیا-سال ۱۳۹۴)
۵- نقش بستن مقاله استاد دانشکده علوم‌پایه بر جلد مجله بین‌المللی International Journal of Quantum Chemistry (مقاله دکتر اسرافیلی-سال ۱۳۹۴)
۶-  نقش بستن مقاله استاد دانشکده علوم‌پایه بر جلد مجله  Structural Chemistry (مقاله دکتر اسرافیلی-سال ۱۳۹۵)
۷- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان محقق سرآمد علمی کشور (دکتر باقر افتخاری-سال ۱۳۹۵)
۸- سنتز یک نانو ترکیب ضد میکروبی جدید توسط اعضای هیأت علمی دانشکده (سال ۱۳۹۵)
۹- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان محقق برجسته کشور در زمینه نانو (دکتر صادق رستم‌نیا-سال ۱۳۹۵)
۱۰- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان پژوهشگر برتر استان (دکتر صادق رستم‌نیا-سال ۱۳۹۵)
۱۱- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان پژوهشگر برتر دانشکده (دکتر غلامرضا مهدوی‌نیا-سال ۱۳۹۵)
۱۲- تهیه نانوکاتالیست گرافنی مغناطیسی جهت تولید ترکیبات شیمیایی توسط عضو هیأت علمی دانشکده (دکتر صادق رستم‌نیا-سال ۱۳۹۵)
۱۳- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان پژوهشگر جوان برجسته علوم‌پایه کشور (دکتر صادق رستم‌نیا-سال ۱۳۹۶)
۱۴- کسب رتبه ۵۰ رشته میکروبیولوژی توسط یکی از دانشجویان دانشکده (سال ۱۳۹۶)
۱۵- کسب رتبه ۲۴ رشته بیوتکنولوژی توسط یکی از دانشجویان دانشکده (سال ۱۳۹۶)
۱۶- انتخاب دانشجوی دانشکده به عنوان ۵ نفر برتر المپیاد شیمی (سال ۱۳۹۶)
۱۷- انتخاب مقاله عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان مقاله Highly cited paper (دکتر کریم کاکایی-سال ۱۳۹۶)
۱۸- چاپ سومین مقاله عضو هیأت علمی دانشکده در مجله Chemical Reviews (دکتر باقر افتخاری-سال ۱۳۹۶)
۱۹- کسب دو عنوان برتر دهمین جشنواره سراسری رسانه و نشریات دانشجویی توسط دانشجویان دانشکده (سال ۱۳۹۶)
۲۰- نمایه شدن مجله آنالیز ریاضی سهند دانشکده در Emerging Sources Citation Index (سال ۱۳۹۶)
۲۱- کسب رتبه اول دکترای نانوشیمی کشور توسط دانشجوی دانشکده (سال ۱۳۹۶)

اطلاعات جامع دیگری درباره این دانشکده به شرح ذیل بیان می‌شود:
 

جنسیت	استاد	دانشیار	استادیار	مربی	جمع
مرد	4	۱4	19	۰	۳۷
زن	۰	۲	۳	۰	۵
کل	4	۱6	۲2	0	۴2

 

رشته	۱۳۸۹	۱۳۹۰	۱۳۹۱	۱۳۹۲	۱۳۹۳	۱۳۹۴	۱۳۹۵	۱۳۹۶
ریاضی	۲۴۱	۲۸۴	۲۷۳	۲۹۲	۲۵۹	۲۱۹	۱۹۱	۱۷۷
شیمی	۱۶۴	۲۱۳	۲۸۰	۳۳۰	۳۵۶	۳۹۶	۳۸۹	۲۹۷
زیست‌شناسی	۱۲۳	۱۴۴	۱۷۴	۲۲۶	۲۵۶	۳۰۶	۳۱۴	۳۵۴
تعداد کل	۵۲۸	۶۴۱	۷۲۷	۸۴۸	۸۷۱	۹۲۱	۸۹۴	۸۲۸

 

 

رؤسای قبلی دانشکده:

دکتر صالح شهابی‌وند	2	دکتر اصغر رحیمی	1
دکتر شهرام نجف زاده	4	دکتر محسن آقاجانی	3
دکترغلامرضا مهدوی‌نیا	6	دکتر باقر افتخاری سیس	5
دکتر محمد مهدی‌زاده	8	دکتر اصغر رحیمی	7
		دکتربیاض دارابی	9